Os recursos naturais da região que integra a Bacia do Rio Paraguaçu têm sido nas últimas décadas alvos de uma intensa utilização, em geral sem conhecimento prévio das suas potencialidades, o que tem provocado grandes prejuízos ao meio ambiente. Por conta disso e diante da crescente degradação dos ecossistemas das cidades integrantes da área de abrangência da bacia e da necessidade de preservação dos seus recursos naturais e das suas matas ciliares, O rio vem sofrendo impactos ambientais graves e enfrenta vários tipos de problemas. Uma das questões mais preocupantes é o lançamento do esgotos sanitário de algumas cidades. Outras sujeiras são mais visíveis, como a dos abatedouros de gado, que poluem as águas com detritos e gorduras de animais. Desmatamentos e extração de madeiras para finalidades agrícolas; retirada de areia e argila de suas margens; o garimpo, que ainda acontece de forma pontual em Mucugê, Igatu e Andaraí; e a contaminação por metais pesados, constatada em estudos recentes, também preocupam, não só os ambientalistas.O Paraguaçu entra na Chapada Diamantina quase como um córrego e dentro dela é abastecido por centenas de riachos. Sai dali já encorpado e, depois de ganhar mais volume, é responsável pelo abastecimento da Região Metropolitana de Salvador e de municípios vizinhos. A bacia do Paraguaçu é considerada o mais importante sistema fluvial estadual.
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